Kirken er antagelig fra det 4. århundrede, men er blevet ændret en del gennem tiden. 

Santa Prisca er opført ovenpå ”Den Hellige Priscas” hus, hvor apostlen Peter skulle have boet. Under kirken kan man se rester af en romersk bygning og et mithræum fra det 3. århundrede og nogle fresker fra middelalderen.

Facaden, vi ser i dag, er fra det 17. århundrede og af Carlo Lombardi. 

I dåbskapellet findes en romersk kapitæl, som blev brugt som døbefont, da Sankt Peter døbte Aquila og Prisca i deres eget hus. Den bruges også i dag som døbefont.