Kirken er interessant med danske øjne idet det andet kapel til højre er viet til Knud d. hellige.  Kapellet har været kendt af alle romafarere helt op til vor tid, hvor de fleste danskere, uanset trosretning, aflagde et besøg, hvis muligheden forelå, gerne på festdagen d. 19 januar.

Hvor fattig helgenen end tog sig ud i Rom kan det undre hvordan fik St. Knud fik et kapel i en kirke på et tidspunkt, hvor reformationen og dets strenge forbud mod enhver gudsdyrkelse stoppede valfarterne til helgenens grav i Odense?

Det var en konvertit, der alene har æren for dette, Christian Payngk (1612-87) hed han.

Omkring 1630 rejste han til Italien, hvor han umiddelbart konverterede til den katolske tro og begyndte at missionere blandt sine protestantiske landsmænd. 

Karmelitermunken Ludovico de Castro (død1689) fortæller at Christian Payngk havde græmmet sig over at Danmarks skytshelgen, St. Knud, savnede offentlig dyrkelse i sit eget rige på grund af det der herskende kætteri, og han besluttede derfor af skaffe ham en sådan i Rom, hovedstaden for verdens riger.

Payngk fik gjort pave Urban VIII opmærksom og interesseret i projektet og tilbage stod at finde en kirke, hvor kapellet kunne indrettes. Karmeliterordenens general, Theodoro Straccio, som gav tilladelse til at der kunne rejses et alter for den danske martyrkonge i ordenens kirke, Santa Maria in Traspontina, Payngk forventede at kapellet skulle bruges til begravelse af danske katolikker og en sten blev lagt i gulvet med følgende inskription: D(eo) O(ptimo) M(aximo). SOLIS DANIS IN URBE FIDEQUE ROMANA OBEUNTIBUS MONUMENTUM. ANNO D(omi) NI MDCLXV, 

Den 7. januar 1641 blev kapellet indviet i overværelse af hele kardinalkollegiet. Ved messen medvirkede sangerne fra det sixtinske kapel og udenfor festede romerne i Borgokvarteret i 2 dage med processioner, illuminationer og fyrværkeri.

En forskønnelse af kapellet blev påbegyndt i 1685. Payngk var ikke tilfreds med den gamle altertavle og Daniel Seiter, der 45 år tidligere havde tegnet barokarkitekturen, leverede derpå den nuværende altertavle. Den forestiller St. Knud i det øjeblik, hvor han synker død sammen for de oprørske bønders spyd og pile. Billedet trænger stærkt til en rensning og med de i kirken herskende lysforhold er det ikke muligt at danne sig et skøn over dets kunstneriske værdi. Payngk nåede ikke at se færdiggørelse af det kapel, der havde betydet så meget for ham. Han døde d. 31 januar 1687 i sit hus i Vico St. Jacopo i St. Dorotheas sogn i Trastevere. I kirkebogen i Santa Maria in Traspontina skrev man at han før sin død havde modtaget kirkens sakramenter og at han havde bestemt, at han ville begraves i karmeliternes ordensdragt. Man lagde ham ned i St. Knuds kapel foran alteret. Et halvt år efter, d. 6 juli 1687 kunne munkene tage det forskønnede kapel i brug. 

I 1687, tre døgn efter Payngk, døde maleren Evert Keil. Måske havde han pådraget sig en feber, mens han gennem februarnattens regn og kulde i tynd sørgekåbe med vokslys i hånden fulgte sin ven og landsmands båre til Borgo. Dette er kun en formodning. Men i hvert fald må marmorfliserne i St. Knuds Kapel endnu have ligget løse, da de atter blev løftet, for at man kunne sænke Evert Keils  smalle kiste ned i krypten. Her venter han nu på den yderste dag.

Den tredje gravlagte er en anden dansk konvertit, Andreas Georg Bredal fra Frederiksstad i Norge, der fra 1759 tjente som fændrik i den danske hær, indtil han i 1770 afskedigedes som kaptajn , hvorefter han rejste til Rom og gik over til den katolske tro. Pave Pius VI gav ham ansættelse som fændrik i den korsikanske livvagt. Han døde i 1778 på selve den dag, hvor paven udnævnte ham til befalingsmand  og opnåede kun en alder af knap 40 år. Gravstenen fortæller, at han efter at have afsvoret den lutterske læres vildfarelser, foretrak at leve fattigt i Rom, beskæftiget med studiet af den katolske tros sandheder, fremfor i velstand i sit hjem.

Midlerne til at afholde en messe for St. Knud har aldrig været store. Det konstaterede H.C. Andersen, da han i 1841 for første gang besøgte Rom: "To smaa Tællelys brændte saa fattigt paa Sanct Knuds Alter".

I "En Digters Bazar" hedder det endvidere: "Alene stod jeg foran Helgenens Alter, min Barndoms Helgen! i hans Kirke havde jeg grædt ved min Faders Kiste, i hvis Kirke jeg var bleven konfirmeret. Sanct Knud, Alverdens Ære er forgængelig! I det fordums jordiske Kongerige lyder nu ingen Messe mere for din Sjæl, der brænder intet lys ved din Grav, og selv i Pavens By har du kun to fattige Tællelys".

Derfor virker det ret opsigtsvækkende, da den katolske præst J.C. Lichtle i 1867 kunne meddele "Katolsk Kirketidende" at på St. Knuds festdag var kapellet igen festligt smykket og at man læste messe ved hans alter. Lichtle opfordrede i sit brev alle danske katolikker til at give gave til karmeliterne, der vedligeholder kulten for St. Knud.

I 1906 skete der endelig noget. Der dannedes en indsamlingskomité, der skulle rejse midler til en genrejsning af kapellet. Mange danskere, besøgende som bosiddende,  deltog i arbejdet, bl.a. musikhistorikeren Angul Hammerick  og forfatteren Børge Janssen. Det lykkedes at indsamle 3000 lire, et imponerende beløb. For pengene indkøbtes 2 bronzekandelabre til alteret og for resten af pengene stiftedes et fond, for hvis afkast der skulle læses messer på St. Knudsfesten og på kongens dødsdag. Desuden skulle fondens midler betale olien til den evigt brændende lampe, der hang foran alterbilledet. En kreds af katolske kvinder broderede et smukt tæppe, der lagdes på altertrinene. Det forestiller en siddende St. Knud med inskriptionen: Santus Canutus - Danorum Rex - ac Protomartyr. Udover det indsamlede beløb resulterede indsamlingen i en opmærksomhed i den store offentlighed, som indtil da havde levet i uvidenhed om kapellet. Desværre placeredes de indsamlede midler i østrigske statspapirer, der mistede deres værdi under første verdenskrig, men allerede i 1920 indtrådte en fornyet interesse for kapellet, da Christian X og dronning Alexandrine besøgte det. De skænkede en skriftestol og senere fulgte flere gaver. 6 bænke med kongens monogram, hvor der var plads til 24 personer, blev opstillet og gesandtskabet i Rom blev pålagt at der altid var midler til at læse messe på St. Knuds festdag, 19 januar. Siden da er der løbende sørget for kapellets bevaring og brug. Alteret pyntes på denne dag med danske farver, røde og hvide blomster. Karmelitermunkene leverer de røde, de hvide sendes af ambassaden. Messen afholdes så vidt muligt på dansk. Kontakt ambassaden om det nøjagtige tidspunkt for messens afholdelse.

I 1931 modtog i øvrigt kapellet et relikvie fra en dansk læge. Han havde under et tidligere besøg spurgt om kirken havde et sådant og da han erfarede at det ikke var tilfældet, lovede han at skaffe en knogle af Knud den Hellige. Nationalmuseet restaurerede i 1875  kong Knuds jordiske rester og professor i anatomi ved Københavns Universitet, Frederik Theodor Schmidt, blev kaldt senere til Odense for at undersøge skelettet. Det vides ikke hvem der fjernede relikviet, men professor Schmidt blev senere gift med den katolske Louise Sophie d’Auchamp, hvis bror har var leder af indsamlingskomiteen i 1906.